食用菌生产中所涉及到的原料、用水、设备、空气等都着大量的真菌、细菌、放线菌、病毒等微生物和虫害，它们无时无刻在与食用菌争夺养料和侵害食用菌。
这些杂菌和病虫害给食用菌生产造成很大为害和损失。在食用菌栽培中，消灭和抑制有害微生物的活动，对食用菌进行纯培养是很有必要的，所以消毒灭菌是食用菌生产过程中很重要的一环。
一般来说，食用菌生产过程中的消毒杀菌方法有以下几种。
1、紫外线消毒法，其杀菌机理是当紫外线作用于生物体时，可导致细胞内核酸和酶发生光化学反应，而使细胞死亡。另外，紫外线还可使空气中的氧气产生臭氧，臭氧具有杀菌作用。但对真菌效果差，只起辅助消毒作用，还需配合药物使用。由于紫外线对人体有伤害作用，所以不能在工人上班时使用。
2、使用AORODO臭氧发生器，能高效、快速杀灭空气中和物体表面各种微生物，接种成功率可达97％以上；同时具有性能稳定、操作简单、耗电小的特点。但臭氧对人体也有上海，因此不能在有人的情况下工作。
3、甲醛和高锰酸钾熏蒸法，使用方法是每立方米空间用8～10mL 40%甲醛和5～7g高锰酸钾，先将高锰酸钾倒入陶瓷或玻璃容器内，再加入甲醛；加入甲醛后人立即离开，密闭房间消毒时20～30分钟。
4、“NICOLER动态空气消毒机”，对车间内的空气进行消毒，保证食品安全。该设备内有3个NICOLER杀菌腔，它能持续不断地产生高浓度的正离子。空气中的细菌处于正离子的极度包围中，迅速获得饱和电量。带负电的细菌在高浓度、高能量的正离子的浸润作用下，会迅速发生电解过程，由于快速的能量释放，细菌的细胞壁会遭到严重破坏。正离子与细菌表面接触，放出电荷，吸收相反电荷，足够的正离子会穿透多孔的细胞壁，渗透到细胞内部，破坏细胞电解质，损坏细胞膜，导致细菌死亡。使用NICOLER动态空气消毒机对车间消毒时，对人体没有任何危害，人可以同时在车间内工作，所以，该种消毒技术也被称作“动态杀菌技术”。
据悉，上海康久消毒技术有限公司所研发的NICOLER动态空气消毒机——这是国内第一个真正意义上的食品企业专用的动态消毒设备。目前该动态消毒技术已在泉州、上海、南京、温州等地的4000多家食品企业应用，取得了非常好的效果。