申请登记首先要登记申请，申报人向所在的县、区食品药品监督管理局窗口报送申请材料。为了充分体现便民原则，每个申请窗口专为申请人提供申请书填写式样和所提交的材料清单，并有工作人员具体指导。申请人可以提交纸质申请也可通过网上申报。
二是材料审核，所在的县、区食品药品监督管理局工作人员对所提交的审核，材料齐全、符合法定形式，或申办人按要求提交全部补正的，县区局发给申请人《受理通知书》。
三是现场检查，所在的县、区食品药品监督管理局需要对申请材料的实质内容进行核实的， 可以进行现场核查。现场核查由县级食品药品监管部门指派2名或以上工作人员按照《食品小作坊现场核查要点》或《食品小餐饮现场核查要点》进行。
四是审批发证，县、区食品药品监管局对申请材料审查和现场核查符合规定条件的，在15个工作日内做出是否准予登记决定，颁发食品小作坊、小餐饮登记证。对不符合条件的，书面告知申请人并说明理由，告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
