黄浦江死猪事件和H7N9禽流感的爆发，让我们更加关注现代农业发展中的环境问题，即农业投入品对环境的污染和对农产品质量安全的威胁，以及畜禽养殖业带来的环境污染。
其中，规模化畜禽养殖污染是最主要的农业污染源。根据2010年我国发布的《第一次全国污染源普查公告》，全国畜禽养殖业的化学需氧量、氨氮排放量分别达到1184万吨和65万吨，分别占全国排放总量的45%和25%,占农业源排放量的95%和79%.
随着规模化畜禽养殖的快速发展，我国饲料工业发展迅猛，饲料的数量安全和质量安全成为我国养殖业健康、稳定发展的重要关联因素。近年来，由于饲料管理法律法规体系和行业准入规则的缺乏，以及饲料行业生产企业规模小、监管难度大等诸多因素，使得诸如非法添加“瘦肉精”案件时有发生，加大了现代农业发展中的环境问题。
此外，农药的使用量及农药的质量安全也不容乐观。
鉴于此，2012年，畜禽养殖场污染防治纳入我国以“六厂（场）一车”（火电厂、钢铁厂、水泥厂、造纸厂、城市污水处理厂、畜禽养殖场和机动车）为重点的主要污染物减排工作，得到国家重点减排工程项目和保障措施的支持。与此同时，《全国畜禽养殖污染防治“十二五”规划》提出，到2015年，畜禽养殖污染防治法规标准体系基本健全，畜禽养殖环境监测和污染防治科技支撑能力明显提升，严重危害群众健康的突出畜禽养殖污染问题基本解决，全国畜禽养殖化学需氧量、氨氮排放量较2010年分别减少8%和10%以上，分别新增削减能力140万吨/年和10万吨/年。
与此同时，2012年《饲料和饲料添加剂管理条例》和《饲料和饲料添加剂生产许可管理办法》的先后实施，也促使我国饲料质量安全有所改善。
这些政策措施的出台，将保障我国农村生态系统基本保持稳定，但是，农业环境污染压力仍然沉重，农村生态环境建设力度仍需持续加大。中国社科院农村发展研究所和国家统计局农村社会经济调查司日前共同发布的《中国农村经济形势分析与预测》指出，2013年，我国农业环境问题的最大挑战，是畜禽养殖污染防治和农产品质量安全管控。
畜禽养殖污染，化肥施用过量，农药、饲料非法添加，土壤污染严峻……这些现代农业发展中出现的环境问题，已成为我国环境保护的重点课题和全社会关注的热点，有效加以解决，不仅关系到农村生态环境及可持续发展，也关系到城乡一体化进程的推进，更关系到美丽中国的建设。
