1.大肠菌群
大肠菌群是在一定条件下发酵乳糖产酸产气的需氧和兼性厌氧革兰氏阴性无芽胞杆菌，是反映食品卫生质量的指标之一。如果大肠菌群值超出相关标准所规定的限量值，则说明食品存在卫生质量缺陷。
食用大肠菌群超标的食品，可能引起急性中毒、呕吐、腹泻等症状，危害人体健康安全。
大肠菌群超标的原因可能是生产企业操作人员卫生意识不强，不按生产要求进行操作；加工环境和用具卫生不达标；没有按食品相应的要求进行储存和运输。
2.霉菌
霉菌是形成分枝菌丝的真菌的统称，种类多、繁殖能力强。生活中霉菌无处不在，它会使食品保质期变短、引起食品霉坏变质。
食用霉菌超标的食品，如果产生一定量的霉菌毒素，可能引起急性中毒、慢性中毒。
生产企业的卫生水平参差不齐，车间管理不够规范，食品从业人员相关卫生和知识素养不高，都可能是食品中霉菌超标的原因。
3.酵母
酵母对糖类、脂类等有较强的“糖酵解”能力，能以分解有机质的形式危害食品，造成食品的腐败变质。如果食品中酵母菌含量超标，说明该食品的生产环节卫生质量较差，以及这种食品已过分发酵，容易变质。
酵母虽然本身并非有害菌，但酵母超标会引起食物变质，食用酵母超标的食物可能引起腹泻，危害人体健康。
食品中酵母超标的原因可能是操作人员不按生产要求进行操作；对设备清洗不干净或消毒不严；加工环境卫生不达标等因素造成的交叉污染等。
