地域管辖原则
《行政处罚法》对行政处罚管辖权作了统一规定，即除法律、行政法规另有规定外，均由违法行为发生地的行政机关管辖。之所以这样规定，一方面是由于行政处罚以违法行为的存在为基础，由违法行为发生地行政机关管辖，便于处罚机关调查违法事实，判断违法行为的性质；另一方面是如此确定管辖权，在违法行为人实施违法行为时即可追究其法律责任，有利于防止危害结果的发生。
食品药品监管部门作出了与《行政处罚法》第二十条规定相一致的管辖权规定。1999年6月15日，原国家药品监督管理局颁布《药品监督行政处罚程序》，其中第六条规定：“药品监督管理行政处罚由违法行为发生地的药品监督管理行政机关管辖。”2003年4月28日，原国家食品药品监督管理局颁布修订后的《药品监督行政处罚程序规定》，其中第五条规定：“药品、医疗器械监督管理行政处罚由违法行为发生地的药品监督管理部门管辖。”2014年4月28日，国家食品药品监管总局颁布的《食品药品行政处罚程序规定》（以下简称《规定》）第六条明确：“行政处罚由违法行为发生地的食品药品监督管理部门管辖。”
级别管辖原则
《规定》分三个层次规定了级别管辖，并以此作为地域管辖原则的重要补充。《规定》第七条规定，县（区）、市（地、州）食品药品监督管理部门依职权管辖本行政区域内的食品药品行政处罚案件。省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门依职权管辖本行政区域内重大、复杂的食品药品行政处罚案件。国家食品药品监督管理总局依职权管辖应当由自己实施行政处罚的案件及全国范围内发生的重大、复杂的食品药品行政处罚案件。
根据上述规定，虽然县（区）与市（地、州）食品药品监管部门之间存在级别之差，但其同处于行政执法一线，是食品药品监管和实施行政处罚的主力，且所查办违法案件的性质和复杂程度大多相近，因此，并未在其之间界定级别管辖（当然，这并不排除地市级食品药品监管部门作为县级食品药品监管部门的上级机关，依职权对管辖权作进一步划分）。
省级食品药品监管部门并非对全省（自治区、直辖市）辖区内的所有案件都具有管辖权，而只能管辖本省（自治区、直辖市）辖区内发生的重大、复杂案件。重大、复杂案件，一般是指在本辖区有较大社会影响，或在本辖区内涉及数个县、市，需要省级食品药品监管部门进行查办，或是涉案金额较大的案件等。在实践中，省级食品药品监管部门具有当然的考量权和决定权。
需要注意的是，现行法律、法规、规章中如果有级别管辖的规定，各级食品药品监管部门应严格遵循；省级食品药品监管部门根据部门规章作出的关于级别管辖的规定，下级食品药品监管部门也应遵照执行。
特别规定
在网络食品安全违法案件管辖权方面，《网络食品安全违法行为查处办法》明确了网络食品安全违法行为的管辖权，该法第二十一条规定：“对网络食品交易第三方平台提供者食品安全违法行为的查处，由网络食品交易第三方平台提供者所在地县级以上地方食品药品监督管理部门管辖。对网络食品交易第三方平台提供者分支机构的食品安全违法行为的查处，由网络食品交易第三方平台提供者所在地或者分支机构所在地县级以上地方食品药品监督管理部门管辖。对入网食品生产经营者食品安全违法行为的查处，由入网食品生产经营者所在地或者生产经营场所所在地县级以上地方食品药品监督管理部门管辖；对应当取得食品生产经营许可而没有取得许可的违法行为的查处，由入网食品生产经营者所在地、实际生产经营地县级以上地方食品药品监督管理部门管辖。因网络食品交易引发食品安全事故或者其他严重危害后果的，也可以由网络食品安全违法行为发生地或者违法行为结果地的县级以上地方食品药品监督管理部门管辖。”
在吊销许可证或者撤销批准证明文件案件的管辖权方面，《规定》第十六条规定，食品药品监督管理部门查处违法案件，对依法应当吊销许可证或者撤销批准证明文件的，在其权限内依法实施行政处罚的同时，应当将取得的证据及相关材料报送原发证、批准的食品药品监督管理部门，由原发证、批准的部门依法作出是否吊销许可证或者撤销批准证明文件的行政处罚决定。需由国家食品药品监督管理总局撤销批准证明文件的，由省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门报国家食品药品监督管理总局决定。
其他规定
谁先立案谁管辖。《规定》第十条明确，如果两个以上食品药品监管部门对某案均享有管辖权，只能由最先立案的部门管辖，最先立案的部门不能向其他有管辖权的部门移送。
指定管辖。指定管辖权实质上是行政管理权在管辖制度中的具体体现，指定管辖强调争议双方具有“共同”上级，并由该上级作出决定。《规定》第十条规定，对管辖权有争议的，应当协商解决；协商不成的，报请共同的上一级食品药品监督管理部门指定管辖。
管辖权的转移。发生在上下级机关之间的管辖权的调整和变通，属于管辖权的转移。《规定》第十一条规定：“上级食品药品监督管理部门认为必要时可以直接查处下级食品药品监督管理部门管辖的案件，也可以将自己管辖的案件移交下级食品药品监督管理部门查处。下级食品药品监督管理部门对本部门管辖的案件由于特殊原因不能行使管辖权的，可以报请上级食品药品监督管理部门管辖或者指定管辖。”
移送管辖。管辖权的移送包括内部移送和外部移送。根据《规定》第十三条的规定，食品药品监督管理部门发现案件不属于本部门管辖的，应当及时移送有管辖权的食品药品监督管理部门或者相关行政管理部门处理。受移送的食品药品监督管理部门认为移送不当的，应当报请共同的上一级食品药品监督管理部门指定管辖，不得再次移送。此为管辖权的内部移送。第十四条规定了管辖权的外部移送：食品药品监督管理部门在查处案件时，发现违法行为涉嫌犯罪的，应当按照《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》的要求，及时移送同级公安机关。
