《规划》指出，目前食品安全正处于“矛盾凸显期和问题高发期”，“食品生产经营量大、面广”，而且随着新技术和新工艺的开发应用，“各种新的食品化学污染物和致病微生物不断出现”，这给食品安全标准与监测评估带来了新挑战。
因而在“十三五”期间，国家卫计委计划初步构建一套“较为完善的食品安全国家标准框架体系”，鼓励企业参与标准研制，“制定公布926项新的食品安全国家标准”，基本覆盖所有食品类别和主要危害因素。
针对部分食品国家标准、地方标准不统一的情况，《规划》指出，将制定公布食品安全标准管理办法，实现“国家标准与地方标准衔接”，并加强对新食品原料、食品添加剂新品种、食品相关产品新品种等“三新食品”的管理，“解决长期以来食品标准之间交叉、重复、矛盾等问题”。
2008年末，多名婴儿因食用含三聚氰胺的奶粉患病的消息，在全国引起了巨大反响，以三鹿奶粉为代表的多家乳企牵涉其中，国产奶粉市场为之重创。自“三鹿奶粉”事件发生后，曾有许多公众及专家质疑，中国的食品安全风险监测制度存在漏洞，且缺乏监督保障制度，下级政府发现问题隐瞒不报，这才终于酿成惨祸。
有了“三鹿奶粉”等食品安全事件的教训，此次《规划》提出，要建立“以国家食品安全风险评估中心为技术核心，各级疾病预防控制和意料机构为主体”的食品安全风险监测网络，设立2656个风险监测点，覆盖所有省、地市和92%的县级行政区域，并由中央投资23亿元，建立32个省级风险监测中心。
《规划》表示，当下食品安全监测的突出问题是“各地监测评估能力发展不均衡”，“基层监测能力总体较弱”，因此接下来风险监测重点将覆盖到所有县级行政区域，并进一步向乡镇农村延伸，尤其是显著提升中西部贫困地区的监测能力，逐步消除监测“死角”和“盲点”。
此外，国家卫计委还拟建立囊括300余项指标的国家食品安全风险监测数据库，按照“标准统一、业务协同、信息共享、安全可靠”的原则，构建互联互通的国家、省、地市、县四级网络体系，充分利用大数据平台的整合作用。
尤其对于常见的食物中毒、寄生虫病等食源性疾病，《规划》表示，将使食源性疾病爆发的监测系统，覆盖至各级疾病预防控制机构，让各级食品安全监管部门实现信息共享，及时通报食品安全隐患信息。
《规划》还指出，未来国家卫计委将建立基于疾病负担和预期寿命的定量综合评估模型，探索研究生态环境－食品安全－食品营养－人群健康的内在联系。
