本次专项整治将重点打击无证照经营食品药品行为、经营“无生产日期、无厂名厂址、无合格证明”食品药品行为；严厉打击制售假劣食品药品的“黑作坊”、“黑窝点”。其中在食品安全领域，重点整治无证生产和制售假劣食品行为；整治食品批发市场、城中村、农村等地区无证经营和经营“三无”食品、假冒伪劣食品等问题。在药品生产领域将重点整治制假“黑窝点”、未经批准委托或受托生产等行为。
此次专项整治还将严肃查处执法执纪监督中出现的各种问题，重点查处责任不落实、履职不到位、该查不查的；执法不严、有案不立、该罚不罚、该移送不移送、滥用自由裁量权的；吃拿卡要、办关系案、人情案等徇私枉法的；言行不端、方法粗暴、执法不文明，严重损害部门形象的；不作为、乱作为、慢作为，失职渎职等问题。
