近日，长江水产研究所西南渔业研究中心和中国水产科学研究院长江重要渔业资源调查与评估创新团队在三峡库区鱼类eDNA本地数据库构建研究中取得重要进展，为长江流域水生生物多样性保护的标准化监测提供了重要支撑。
随着eDNA技术在水生生物监测领域的广泛应用，参考数据库的完整性与准确性，已成为决定监测结果可靠性的核心前提。当前通用的公共基因数据库，普遍存在物种标识错误、分类学信息不规范、区域代表性不足等问题，直接影响eDNA监测结果的准确性，易引发假阴性、假阳性误差，长期制约该技术在长江流域生物多样性保护研究工作中的标准化应用。
为解决这一突出问题，团队系统采集三峡库区鱼类样本，通过严格的形态学鉴定与精准测序，构建了本地多基因标记的三峡库区鱼类eDNA本地参考数据库，有效破解了三峡库区淡水鱼类监测中“比对不准”的难题。该数据库收录了包括长江鲟（Acipenser dabryanus）、圆口铜鱼（Coreius guichenoti）等8种国家重点保护鱼类在内的120种鱼类线粒体基因数据。对比分析显示，尽管公共数据库对三峡库区鱼类的名义物种覆盖率达94.67%，但注释准确率存在明显不足；在受控条件下，其鱼类注释准确率显著低于本次构建的本地数据库。此外，研究还确定了适用于三峡库区鱼类的最优种间遗传距离阈值，为eDNA监测的标准化物种界定提供了量化依据。
该研究得到国家重点研发计划（2023YFC3205903）、湖北省自然科学基金（2023AFB558）、中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目（NO.2023TD09）等项目及重庆市水生生物监测体系的资助和支持。相关成果已以“Building a Local Multi-Marker eDNA Reference Database Reveals the Limitations of Public Repositories for Freshwater Fish Monitoring in the Three Gorges Reservoir”为题发表于国际学术期刊《Fishes》。
