近年来，南通市食药监局大力提升食品小作坊监管水平，一方面突破难点，完善制度机制，推进登记管理工作；另一方面突出重点品种，巩固食品小作坊综合治理成果，取得了显著成效。目前，全市食品小作坊登记率超过40%，取缔各类无证“黑作坊”156家。
一是明确责任，全面推进登记管理工作。将食品小作坊监管纳入地方政府食品安全工作考核评价内容和国家食品安全示范城市创建督导重点，纳入市委“四个全面”战略布局综合考核内容，强化食品小作坊监管责任。组织召开全市食品小作坊管理工作现场推进会，现场观摩学习，统筹推进登记工作。
二是完善制度机制，突破小作坊登记管理难点。出台《南通市市区食品小作坊登记证申领管理办法（试行）》，印发《南通市市区食品小作坊登记证申请表》《南通市市区食品小作坊登记现场核查表（试行）》《南通市食品小作坊允许生产品种建议目录》《允许小作坊加工食品品种目录》。
三是健全完善食品小作坊管理系统。目前，该系统已实现食品小作坊登记证新办、变更、延续、补办与注销等业务办理、打证、查询统计与数据导出功能。县（市）区食安办牵头，乡镇（街道）负责，村居食品安全协管员参与，开展调查摸底和建档工作，统一录入食品小作坊管理系统，定期动态调整。据统计，全市已有456家食品小作坊取得了食品小作坊登记证，400家食品小作坊建立了信息公示栏。
四是突出重点品种，构建“四全”监管模式。在豆制品行业构建“全链条监管、全过程追溯、全方位提升、全行业自律”的“四全”监管模式，全市106家豆制品小作坊取得登记证，登记率达95%以上；11家豆制品小作坊经改造提升取得食品生产许可证，豆制品合格率提高近十五个百分点。
