1. 首先至食品安全管理系统认证及验证资讯系统（简称验证资讯系统）提出验证需求，由系统随机选择经“食品药品管理署”认证的验证机构；
2. 食品业者提交验证相关资料，验证机构进行行政审查；
3. 审查通过后，食品业者缴纳验证相关费用；
4. 验证机构安排评定相关事宜（书面审查及实地考核）；
5. 评定完成且通过，食品业者取得验证证明书，即完成验证相关程序。
3月8日，台湾地区“食品药品管理署”发布通报修订“二级品管-机构验证制度”，该制度于2014年起实施，目的是对食品和食品添加剂制造企业进行卫生安全管理系统验证和考核。此次修订内容为：从2017年2月1日起，食品从业者申请二级品管验证时，应依《食品卫生安全管理系统认证及验证收费办法》缴纳相关验证费用。修订后的“二级品管-机构验证制度”申请步骤如下：
