修订后的《办法》共五章、24条。内容涵盖了安全风险等级、纵向风险会商、横向风险会商以及管理措施等。其中管理措施中，进一步明确了风险防控措施、防控责任落实、风险消除、信息发布、专家咨询等10项内容。
《办法》明确建立纵横两向风险会商的机制。纵向风险会商，强化纵向风险排查、纵向分析研判、纵向精准对接，进一步提高风险会商工作的专业化、精准度和针对性，最大程度地发现、整改、消除某监管环节或领域的风险隐患。同时结合监管工作实际情况，对纵向风险会商进行拓展和延伸，提出纵向联合会商机制，提高了风险会商的灵活性和多样性。横向风险会商进一步加强了不同监管环节或领域间的横向联系，充分交流风险隐患信息，集体分析研判风险因素，确定风险隐患清单，制定防控工作措施。
《办法》还提出对食品药品风险等级进行动态管理，包括风险信息等级的升级和降级，如整治后危害程度降低、影响范围缩小但未消除的风险信息，经确认后应降低其安全风险等级。
