按照WTO规则，韩国基本取消了对农产品进口的硬性管制。 但在实际操作上，韩国通过建立农产品质量安全管理体系，利用检疫、卫生标准等多种非关税措施， 对进口农产品进行了有效的控制。这也是韩国保护农产品市场最有效的手段。
韩国农产品质量安全管理体系涉及的法律依据主要包括：《农水产物品质管理法》、《粮谷管理法》、《家畜传染病预防法》、《畜产法》、《种畜等的生产能力、规格标准》、 《畜产品加工处理法》、《饲料管理法》、《肥料管理法》、《植物防疫法》、《关于鸟兽及狩猎的法律》、 《水产品法》、《水产品检验法》、《食品卫生法》、《自然环境保护法》等。乌拉圭农业协定生效以来， 韩国以适应国民生活水平日益提高，保障国民健康安全需要为目的，韩国通过制订种类繁多的检疫和卫生安全标准， 逐步修改和完善了各种法律法规，从而建立起了一套行之有效的非关税壁垒，达到了限制外国农产品进口的真实目的。 按照韩国颁布的《2002年HS进出口通关便览》显示，韩国几乎把所有农产品都置于了各种质量安全和检疫法规的保护之下， 部分商品甚至需同时符合4~5项法律法规的严格要求。目前，有效实施进口限制的法规和措施主要有转基因加工食品标识制度、 水果、蔬菜、花卉病虫害检疫制度、口蹄疫及疯牛病疫区产品进口紧急限制制度、家禽肉检疫制度、水产品安全检疫检验制度、 177种进口农产品原产地义务标识制度、农药和有害物质成份标准等。如韩国对农产品农药污染控制极严，《食品公典》总共对 264种农药和重金属规定了残留基准。另外，对农产品中使用激素和抗生素等也严格限制。
韩国对农产品进口实施通关义务申报制度。2002年度，韩国主要监控的农作物包括西红柿、白菜、各种 水果等110个品种。农作物生产国如存在韩国没有的病虫害，在韩国进行实地检疫认可和双边达成检疫协定前，韩方均禁止进口对象 国生产的农产品。韩国对全部畜产品实施进口检疫认可制度，由出口国提出申请和提交相应的家畜传染病疫情资料，韩方有关机构 进行评估认可，非OIE会员国需接收韩国实地检疫调查，达成双边检疫协定，生产国方可对韩出口。进口农产品的农药、重金属、 激素残留，主要通过进口抽检进行控制，如抽检不合格率较高（无明确规定），可随时对出口国和对象农产品实施临时精密检验， 即在一定期限内对进口农产品实施诸批检验措施，从而达到控制进口的目的。如2002年1月7日起 ，韩国以2001年度我部分农产品 抽样检验不合格率较高为由，对我枸杞子、干萝卜丝、萝卜根、当归、黄芩、黄芩根、黄芪、干桔梗、生姜、藕、葛等11种产品 实施二氧化硫精密检验措施，上述产品对韩出口均需逐批接受精密检验，而不是通常的抽样检查。