云南省食品药品检验机构是新中国成立最早的食品药品检验机构之一。1952年云南就成立了云南省人民政府卫生厅食品药物检定所。目前，云南省正在加快推进食品药品检验检测体系建设。云南省食品药品检验检测体系的总体目标已经明确，到2020年，建立完善以省局检验检测机构为龙头、州市检验检测机构为骨干、县级检验检测机构为基础、乡镇快检前哨能力较强，科学、公正、权威、高效的食品药品检验检测体系，充分发挥第三方检验检测机构的作用，使检验检测能力基本满足食品药品监管和产业发展需要。
数据显示，2014年云南省食药监局共完成监督抽检风险监测13133批次，其中药品3200批次，医疗器械360批次，食品24大类8148批次，保健食品13大类815批次、化妆品7大类610批次，为加强薄弱环节、重点领域、重点产品监管和各类专项整治工作提供了科学依据。
