由于生物燃料迅猛发展，需要消耗一定量的农作物，它势必产生与食物“争地盘”的矛盾。在这种情况下，在吃饱肚子和满足能源需求之间作出选择变得越来越难。
国际农业研究磋商组织以及联合国粮农组织近来均警告说，生物燃料生产今后如果继续扩大，将使世界粮食价格上涨问题进一步恶化。粮农组织去年就曾预计生产生物燃料的主要原料——粗粮和植物油的进口价格将大幅上涨，成为拉动粮食进口费用上涨的主要原因。
生物燃料的发展前景原本一直被人们看好，尤其在油价高企的今天，生物燃料有助于摆脱对传统化石能源的依赖，还能减少温室气体排放，有关各方似乎都能得利：科学家可以得到研究经费，风险资本家能赚钱，环保人士也欢迎，何乐而不为？
然而算来算去，最基本的填饱肚子的问题却未得到充分重视。由于可耕地面积减少、水资源缺乏以及近两年全球粮食生产不稳定，生物燃料作物种植逐渐与粮食种植之间产生矛盾。而石油价格的暴涨对多数农产品价格的上扬起到一定的推波助澜作用，这一方面增加了农业的成本，另一方面加剧了作为替代能源的生物燃料生产对农作物的需求。
例如，马来西亚和印度尼西亚一直是世界领先的棕榈油生产国。这几年，越来越多的棕榈油被用来生产生物柴油，开始造成食用油价格上涨。对生物燃料的追逐甚至使粮食出口国美国也感到压力。美国生物乙醇产量的提高是一年多前美国交易所玉米期货价格上涨75％的主要原因。
在国际政坛，委内瑞拉总统查韦斯和古巴领导人卡斯特罗去年频频表态，反对美国的生物能源计划。查韦斯表示，委内瑞拉每天生产300万桶石油，只是世界石油日产量的一小部分，如果全世界每天生产300万桶生物乙醇，那么所有陆地用来种植甘蔗或玉米都不够。卡斯特罗也指出，当今世界首要的任务是让所有人吃饱饭。
有关专家指出，生物燃料生产也会影响环境。因为生产商为获取原料，必须大规模种植用于生产生物燃料的农作物。当难以从农用地获得原料时，利润的驱使可能使亚马孙热带雨林、大西洋热带雨林和许多珍贵草原、林地受到侵犯。这些土地上的树木每年吸收大量的二氧化碳等温室气体，牺牲它们换取生物燃料，表面上看减少了温室气体排放，实际上却得不偿失。另外，种植用于生物燃料生产的农作物本身就需要耗费能源，因为播种、施肥、收割以及运输都可能需要使用燃烧化石燃料的机械。
这一切预示着生物燃料的发展已遇到了瓶颈。欧盟委员会日前表示，由于使用生物燃料带来未曾预见的危害，欧盟决定设定更加严格的新标准，禁止进口某些生物燃料。
一些专家认为，未来生产生物燃料的原料不会都是农作物，更多的将是富含纤维素的有机物，如木头、蒿草和农作物的残余物等。由于它们大量存在，生物燃料发展或许还有一条新路可走。实际上，已有不少知名企业在这方面开展研究。
