农业部农产品质量安全中心是由中央机构编制委员会办公室批准成立、国家认证认可监督管理委员会批准登记、农业部直属正局级事业单位，专门从事无公害农产品认证工作。
农业部农产品质量安全中心的主要职责是：贯彻执行国家关于农产品质量安全认证认可及合格评定方面的法律、法规和规章制度；发布认证标志和认证产品目录；受理分中心认证审查报告，并向认证合格者颁发认证证书；办理无公害农产品标志的使用手续，负责无公害农产品标志使用的监督管理；接受无公害农产品产地认定结果备案；对无公害农产品标志的印制单位进行委托和管理；开展无公害农产品质量安全认证的国际交流和合作；负责农业部农产品认证管理委员会的日常工作。
农业部农产品质量安全中心内设办公室、技术处、审核处、监督处四个职能部门，下设种植业产品、畜牧业产品和渔业产品三个认证分中心。根据认证工作的需要，遵循“择优选用、业务委托、合理布局、协调规范”的原则，紧紧依托国家和农业部已有的检测机构，建立遍布各省、覆盖全国的无公害农产品认证检测体系。
农业部农产品质量安全中心将在国务院有关部门的领导下，在各省农业行政主管部门的支持配合下，严格按照国家有关法律、法规的规定，“公正规范、简便高效”地开展无公害农产品认证和产地备案工作。