空间消毒 应在播种或定植前7天-10天进行。每立方米用硫磺4克、锯末8克混合均匀，放在容器内燃烧，时间宜在晚7点钟进行，熏烟密闭24小时。也可以按每立方米用25％百菌清1克，锯木8克混匀，点燃熏烟消毒。
设施消毒 棚架、设备、工具等消毒用1:50-1:100的福尔马林水溶液洗刷或者喷洒均可。
土壤消毒 应根据大棚土壤的病虫害种类选用农药，在定植前10天-15天进行。枯萎病发生严重的大棚、可在畦面或沟面喷浇100倍-200倍福尔马林液，然后用薄膜覆盖5天，半月后药剂全部挥发完毕，即可播种和定植。其他病害可用50％多菌灵、50％托布津或70％敌克松1000倍液喷洒，或制成毒土撒布后翻入土中。有地下害虫的大棚，可以在土壤处理时加一定数量的杀虫剂。
沟（塘）消毒 枯萎病重的地块，在定植完以前进行土壤消毒或者消毒质量不好的，还可以在定植沟（塘）内，每亩用50％托布津1.25千克或50％多菌灵0.75千克或70％五氯硝基苯1千克左右进行消毒。以上药剂要先按药粉1份和细干土100份掺拌混合均匀，然后撒在定植沟（塘）内。