为防止土传病害，在培养土配制后，还应进行消毒处理。常用的方法有：
1、福尔马林（40%甲醛）消毒。一般1000千克培养土，用福尔马林药液200-300克（毫升），加水25-30千克，喷洒后充分拌匀堆置，上面覆盖一层塑料薄膜，闷闭2-3天（气温较高）或4-5天（气温较低）后揭开薄膜，经6-7天待药气散尽后即可使用。此法主要是防止猝倒病和菌核病。
2、用70%甲基硫菌灵（甲基托布津）、65%代森锰锌、50%多菌灵等量混合后消毒。一般1立方米的培养土拌混合药剂0.15-0.2千克，充分拌匀，可防止白绢病、疫病、炭疽病、枯萎病等。
3、用50%百菌清、50%福美双或65%代森锌可湿性粉剂等混合后消毒。一般1立方米的培养土拌混合药剂0.12-0.15千克。为混合均匀，可先将药剂拌于细土15千克，再均匀拌入培养土中。这种培养土最好作垫子土和盖子土，可防止猝倒病和立枯病。