各种蝇类的幼虫也就是平时所说的蛆类，对蘑菇的危害很大，不但吃食蘑菇菌丝还传播病害。菇蝇主要孽生在粪便中，通过培养料带入菇房。出菇后往往发现各种颜色的菌蛆聚集在菌盖与菌柄的接触处，或钻入菌柄内部，严重影响蘑菇的质量和产量。
防止措施：1、在堆料期间，料堆周围应经常喷洒0.5%的敌敌畏；2、菇房周围也应定期喷洒敌敌畏药剂，经常进行环境消毒；3、堆料前粪肥先进行预堆，进房后采用后发酵技术，都可达到防止蝇蛆发生的效果；4、出菇后若发生菇蝇或菌蛆，可用1000倍液的除虫菊酯喷洒，既无药害残留，又有较好的防治效果。