1.褐腐病
又称水泡病、湿泡病等。主要危害蘑菇、草菇、平菇等。该病是由一种名叫疣孢霉的病菌引起的。主要特点为:疣孢霉的分生孢子和厚垣孢子只感染子实体，不感染菌丝体。子实体受到轻度感染时，菌柄肿大成泡状畸形，故叫湿泡病。但在子实体发育阶段不同，病症也不同。子实体未分化时被感染。则有一种如硬皮马勃状的不规则组织块，上面覆盖一层白色绒毛状的菌丝，并逐渐变成暗褐色，常从患病组织中渗出暗黑色汁滴。菌盖和菌柄分化后感染，菌柄变成褐色，感染在菌褶上则有二种白色的菌丝生长物。
传播途径:疣孢霉是一种普通的土壤真菌，菇房周围的土壤和废弃物是它的病源。因此，疣孢霉病菌主要是通过覆土，空气、操作人员、工具及昆虫、老鼠等携带传染给菌床及菌块的。
防治措施:如果覆土被疣孢污染，可采用巴斯德灭菌法(60℃)处理一小时，也可用4%的甲醛消毒覆土。还可在覆土中喷1:500的多菌灵药液或托布津药液灭菌。开始发病时，应该立即停止喷水，加大菇房通风量，往培养架上、墙壁上、地面上喷洒1%一2%甲醛溶液或1:500多菌灵药液灭菌。发病严重时，需要除掉原有的覆土，更换新土;并且销毁病菇，把所有的工具在浓度为4%的甲醛溶液中消毒。
2.枯萎病
又称死枯病，是一种生理性病害。主要危害蘑菇、平菇、凤尾菇、灵菇、滑子蘑等。主要特点为:菇蕾形成后，大小不等的子实体都可以发生此病。发病后停止生长，变黄、逐渐萎缩、变软、变干，最后枯死或腐烂。
病因:发生此病是生理上受阻的结果。主要原因是原基形成后培养料过干，而使菇蕾枯萎;或者是出菇过密;营养供应不上，使部分小菇死亡;或者是菇房温度过高，温度过大，通风情况又不好，缺少氧气，使空气中的二氧化碳含量过多所造成的;还有采菇时不慎碰伤了小菇蕾、或者是出菇过量，产生药害而造成的。
防治措施:子实体出现枯萎时，首先要弄清发病原因，采取相应措施。切忌在出菇后的菇房内喷药，否则容易产生药害。特别是平菇和风尾菇，在出菇期间绝对不可以喷洒敌敌畏。
3.畸形菇病
也是生理性病害。食用菌在形成子实体期间，倘若遇到不良环境和条件，使子实体不能正常发育，便会产生各种各样的畸形。主要特点为:菌盖小而薄、柄细长、早开伞。这种现象平菇和风毛菇多发在头茬菇之后，而香菇则发生在头茬。其主要病因是高温、光线不足、营养缺乏等。
长柄菇主要发生在侧耳属的子实体形成期间，子实体呈珊瑚状或菌盖极小，而菌柄根部粗大。其主要原因是光线不足、通气不佳、二氧化碳含量过高、氧气成分太少。子实体倒斜现象的发生，一般都是朝有光的一面倾斜，其原因是子实体在生长过程中的趋光性，主要是菇房中的光线不均匀造成的。在不同的生长过程中经常出现的菌丝萎缩，有时甚至死亡的现象，主要是菌种不健壮，接到新的培养料上不吃料;或者培养料含水量不适宜，过干或过湿;再有料内温度过高，造成烧菌，或者培养料内通气情况不好，还可能是培养料中的酸碱度不适宜。
其防治措施只有一个，就是在生产过程当中，每一道程序、每一个工艺都必须科学地严格按要求进行，以避免造成这样或那样的不良后果，致使生产失败。
4.猝倒病
又称枯萎病，属于真菌性病害。主要是由镰包霉和菜豆镰霉所引起。主要病症是子实体被侵染后，菌柄髓部萎缩变成褐色，菇体变得矮小不再生长。此病发生早期和健康菇在外形上不易察觉，只是菌盖变暗，菇体不再生长，最后变成僵菇。
传染途径:因为镰包霉可在土壤中长期存活，所以通过土壤传染是主要传染途径，另外通过空气和一些使用器具也可以传染。
防治方法:对覆土进行灭菌是防治此病的主要方法。一般用1:500的多菌灵或托布津药液喷洒，进行消毒。