(一)畸形 蘑菇发生畸形，多数是由于温差或不利的环境诱发的；也可能与所使菌株有关。畸形主要有以下几种：
1.菌柄中空。菇床上的蘑菇看起来正常，但切掉菇脚，发现菌柄有一部分中空，在一个硬芯周围通常有一个环形空腔。而后，菌柄切面可能裂开再向后卷，使蘑菇失去美观，质量下降。这主要是出菇期空气湿度低，菇体水分蒸发快，土层过干，子实体得不到水分造成的。
2.菌柄开裂。菌柄竖直开裂有时伴有水平开裂，使菌柄裂片向上、下卷起。这是由于蘑菇先生长在非常潮湿的覆土里，后覆土干燥，后再迅速提高覆土湿度而诱发形成的开裂症状。
3.菌柄肿大。偶尔可见蘑菇菌柄肿大，可能在菌柄基部、中间或顶端。
4.硬褶病。开伞的病菇。从下向上看，颜色苍白，菌褶很浅或不存在。如菌盖破裂，则菌盖通常显得比平常厚。
5.丑形菇。子实体分化看起来模糊不清，经常与秋季第一潮菇有关。不能正常发育而变成各式各样的丑形菇，从瘤状直至子实体形状尚可分辨但菌盖却奇形怪状。个别的子实体还可能连在一起。
(二)水渍病 蘑菇发病症状为清晰可见的进水区，特别在菌柄，如将蘑菇揉挤，就会出水；而且有时成熟子实体会自发地流出大量清澈或有色的液体而后烂掉。
(三)菇蕾病害
1.菇蕾成丛。产生大量钉头小菇，基本上都不能发育长大。这是由于在环境过于有利形成菇蕾时发生的。
2.蘑菇成团。这种病害与出菇不均应区分开。出菇不均显而易见而原因不同。蘑菇成团指蘑菇成堆发生，这与在形成菇蕾时出现周期性低温有关。
3.菌被。当菌丝长透覆土后；覆土表面着生一层厚厚的白色菌丝。菌被不透水，出菇受到阻碍。这是由于高浓度二氧化碳加上高湿度和高温造成的。补救方法除了调整环境条件外，就是在刚刚发生菌被时立即进行轻微搔菌并重新盖上一层覆土。
4.菇蕾死亡。一般在稍后的菇潮中出现，覆土发菌良好，菇蕾还是死亡产生不出菇的小区。通常是由于覆土里存在不透水的菌丝层导致覆土表面泡水引起。这种病害与菌被病相反，通常的起因是蘑菇早期喷水不足，使致密的菌丝定植在干燥的覆土里。
(四)脏菇 当蘑菇在太深的覆土里出菇时，经常包着覆土。原因是出菇误时或覆土表层干燥引起深层出菇。
(五)玫冠病 菌盖表面产生呈多孔状的粉红色菌褶组织。呈小疣状或蜂巢状，从菌褶分布到菌盖上，病菇粉红色或玫瑰色，是污染了烃类、酚类和其他化合物，被污染的覆土和某些杀虫剂使用过量引起。
(六)变褐 由细菌性斑点病引起，一般是由于高湿加上经常使用效力过强的五氯酚钠溶液来消毒菇床所致。
(七)起鳞 是对空气干燥的自然反应或菇床的五氯酚钠烟气引起。
(八)隐干腐病 症状与干腐病相似，但能恢复生长并产生正常子实体。是因长期过多喷水所致。