一、轮作换茬。根据致病菌在土壤中存活时间长的特点，在茬口安排上要与大白菜、甘蓝、大蒜、大葱等作物实行5年以上的轮作，是减少或杜绝辣椒根腐病发生的重要栽培条件。
二、杜绝初浸染源。要解决大棚栽培辣椒的育苗问题，一般情况，辣椒苗要自己解决，如情况特殊需要购买苗子，绝对不要在发病区购买，以有效杜绝因购买苗子而引起辣椒根腐病的传播发生。
三、科学管理，防止积水。整地时一头要挖好排水沟；采用垄栽，做成90厘米的垄距，一垄栽双行，既利于提早封垄，又利于通风采光和田间管理；使用充分腐熟的有机肥或“5406”三号菌粉500倍液；中后期追肥，采用配制好的复合肥母液随浇水时浇施，或顺垄撒施后浇水，防止人为管理造成辣椒根部受伤。
四、发病田的隔离。如在辣椒田里发现一株或几株出现中午萎蔫，晚上稍恢复的情况，就应立即拔除，带出田外烧掉，然后用土拌石灰掩埋辣椒株附近，随后封闭全田。
五、药剂灌根。定植缓苗后，在发病前用向农4号可湿性粉剂800倍液、40%多硫悬浮剂600倍液，同时混加强力生根剂，隔7～10天对辣椒逐株灌根，连续3～4次。