新的《食品安全法》颁布实施以来，质检系统主要做了以下五个方面工作：
一、在宣传贯彻新法方面
组织开展了多种形式的宣传解读活动，回应社会关切，培训执法人员。主要是参与编写国务院法制办《新食品安全法200问》；组织编写《非传统食品安全及应对策略》；参与编写《食品安全法读本》食品进出口章节；举办进出口食品安全讲堂；召开新闻发布会，每月发布中国进口食品质量安全状况，按照“四个最严”的法律规定，解读进出口食品安全监管新政策。
二、在实施最严格的监管制度方面
一是严格重点执法方面。严格进口食品安全监管。对美欧等35个国家或地区的29种输华食品开展体系审查或回顾性审查；累计备案进口食品境外出口商9.8万家，境内进口商2.5万家；2015年检出不合格进口食品1.6万批；将204家进口食品违规企业列入风险预警通告；调查处理49批次涉及安全卫生项目的进口食品不合格信息；依法暂停4家不能持续符合注册要求的境外企业注册资格。严格敏感进口食品专项检查。组织对进口婴幼儿配方乳粉再次进行“全面体检”，对进口蜂产品开展专项检查，对进口肉类检验监管开展专项督察。严格国境口岸食品监管。截止2015年底，全国国境口岸5063家食品生产经营单位中有3987家食品生产经营单位推行了分级管理。严格风险监测与预警。发布风险警示通报47件；编发《风险预警日报》《进出口食品安全信息月报》；妥善处理20多个进出口食品安全问题。严格食品检验机构资质认定。随机抽取40家食品检验机构开展现场检查；组织实施乳制品、肉制品等8种日常食品的检验能力验证计划。严格供港澳食品安全监管。累计备案供港澳食品种植养殖基地1.4万家，对67种供港澳食品中224个重要风险项目进行专项抽检，内地供港澳食品安全状况保持稳定。
二是改革创新监管机制。加强进口食品源头监管。起草《境外食品安全管理体系评估和回顾性检查管理办法》，进一步向境外体系传导我国进口食品的安全要求。创新口岸检验监管机制。起草《进口食品口岸检验监督管理办法》，探索创新以风险评估、监督抽检、合格评定、分级监管为主的进口食品口岸检验监管新机制。转变出口备案监管模式。对出口食品生产企业试行“先备案后监管”，积极采信企业自我检查声明和第三方HACCP认证证明。办理备案平均时间由40天缩短至17天。改进食品认证制度。发布HACCP认证标志及使用要求，该认证制度得到全球食品安全倡议组织的正式承认。“同线同标”工作取得阶段性成果。形成“同线同标”工作相关制度规范草案，开发了出口企业同线同标公共服务信息平台。加强监管信息化建设。推动建设“一核四翼”进出口食品安全智慧监管大数据平台；上线“全国出口食品生产企业备案信息化系统2.0版本”；完成适合中国企业的食品防护评估软件开发。探索跨境电商进口食品监管新措施。起草《跨境电子商务网购保税进口食品检验检疫监管细则》，支持检验检疫机构探索跨境电商进口食品安全监管新措施。
三、在监督企业落实主体责任方面
一是务实推动企业落实主体责任。以进口食用植物油为试点，试行进口商对境外生产企业审核制度；对进口婴幼儿配方乳粉、冰鲜水产品实行进口商质量自主检查制度；鼓励出口企业建立出口食品安全防护计划。并将这些制度和计划纳入进出口治理体系综合施治。
二是初步建成进口食品信息公共追溯体系。发布《关于启用进口食品进口商备案系统升级版的公告》，开发启用进口食品备案及信息记录系统，实行大数据管理，倒逼企业落实进口食品质量安全主体责任。
三是引导出口食品生产企业全部建立HACCP体系。截至目前，我国共有12750家食品企业实施了出口备案，全部建立实施了HACCP体系，取得相对竞争优势。
四、在着力构建食品安全社会共治方面
一是组织开展“进出口食品安全社区行”活动。采用海报、宣传册、现场办讲堂等形式，及时将进出口食品安全政策解读送进社区。
二是开展国境口岸餐饮分级管理“笑脸”行动。推出以“请来口岸找笑脸”为主题的专题宣传活动，提升广大消费者及进出境旅客对口岸餐饮业的信心。
三是举办第十三届全国HACCP应用与认证研讨会。进行网上现场直播、微博微信直播并开辟了互动讨论区。
四是收集通报进出口食品安全信息。编发《进出口食品安全信息》12期，及时通报有关部门。每月发布进境不合格食品信息，受到公众高度关注。
五、在建设配套规章制度方面
一是积极参与《食品安全法实施条例》修订工作。二是抓紧研究起草《进出口食品安全条例》。三是加快清理和制修订部门规章与规范性文件。四是研究制定了14类材质的食品相关产品安全生产过程安全评价实施规范。