菊粉分子约由31个β-D-呋喃果糖和1~2个吡喃菊糖残基聚合而成,果糖残基之间能通过β-2,1-键连接。是由D-果糖经β(1→2)糖苷键链接而成的线性直链多糖,末端常带有一个葡萄糖残基,聚合度(DP)为2~60,其中平均聚合度DP≤9的菊粉又称为短链菊粉,从天然植物中提取的菊粉同时含有长链与短链 。菊粉的分子式表示为GFn,其中G代表终端葡萄糖单位,F代表果糖分子,n代表果糖的单位数。

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